為了獲得全長的cDNA
5’及3’末端序列，許多研究人員使用了稱之為cDNA末端快速擴增，或RACE的方法。傳統的RACE方法得到的PCR產物含有全長及斷裂的cDNA產物。GeneRacer?試劑盒確保您只得到含有全長cDNA末端的完整序列，是您得到更高效的結果并節省您的時間
GeneRacer?的優點
確定一個基因的全長序列對于研究異源轉錄起始和得到用于蛋白表達的開放閱讀框至關重要。GeneRacer?是一種高級RACE技術，提高了擴增全長cDNA末端序列的效率。使用GeneRacer?試劑盒，您可以得到：
完整序列： 克隆基因片段的全長5'和3'末端以構建完整的cDNA序列
靈敏： 得到每個細胞中拷貝數低至30的稀有轉錄本的全長5’和3’末端
長度： 可以由長度至少為9kb的轉錄本得到cDNA
僅通過一輪PCR反應就可以得到這些結果。一般不需進行巢式PCR，所以僅試一次就可以得到結果。
全長5’末端選擇
傳統的RACE會得到多個PCR結果，因為其所使用的cDNA來源于斷裂及全長mRNA。研究人員必須鑒定每一個PCR產物以獲得帶有全長5’末端序列的產物。GeneRacer?只針對全長的5’加帽mRNA，從而節省了花費在篩選大量PCR產物上的時間。圖一
示意GeneRacer?的工作原理。RNA樣品經CIP和TAP處理，保證GeneRacer?寡聚RNA僅同全長轉錄本連接。然后使用
SuperScriptⅡ逆轉錄酶對這些轉錄本逆轉錄，得到的cDNA做為PCR的模板。GeneRacer?寡聚RNA序列做為GeneRacer?
5’引物結合位點，這樣，只有具有全長5’末端的cDNA才會被擴增。使用GeneRacer?步驟及高保真度Platinum? Taq
DNA聚合酶，就可以確保得到最高效的實驗結果。
圖一 GeneRacer?步驟
敏感性和擴增長度
為了說明GeneRacer?試劑盒獲取全長5’末端的能力，我們擴增了帶有已知轉錄起始位點的基因的5’末端。使用總RNA，遵循 GeneRacer?步驟，我們擴增了一個長轉錄本（9kb）和一個濃度為0.01%，即30拷貝/細胞的稀有mRNA（見圖2 ）。
圖二 稀有轉錄本和長轉錄本的擴增結果
3.5μg Hela總RNA經GeneRacer?步驟處理，利用GeneRacer?的Oligo
dT引物和SuperScriptⅡ?得到cDNA，然后使用GeneRacer?
5’引物和基因特異性的引物PCR擴增。基因經過30-35個循環的一輪PCR擴增。50μl
PCR擴增產物中的15μl在1.2％E-Gel?瓊脂糖凝膠電泳檢測，在紫外光下觀察。
泳道1：HPRT（次黃嘌呤磷酸核糖轉移酶），1.3kb，30拷貝/細胞
泳道2：SMAP（胸腺激素受體共激活蛋白），3.1kb
泳道3：Cleavage and polyadenylation specificity factor，4.5kb
泳道4：TFRC（轉鐵蛋白受體），5.0kb
泳道5：IGFⅡR（類胰島素生長因子Ⅱ受體），9kb，5’末端GC含量90%
長度超過GenBank序列
除了可以獲得已知轉錄起始位點基因的全長5’末端，GeneRacer?還可以獲得未知轉錄起始位點基因的5’末端。將GeneRacer?所得到的序列同GenBank列出的mRNA序列相比較，GenBank的序列一般來源于使用傳統方法構建的文庫中的cDNA，這導致末端核苷酸的缺失。從表1
可以明顯看出，使用GeneRacer?得到的5’cDNA末端要比GenBank中列出的序列長16到116堿基。
表一 sequence beyond GenBank
| Gene | GenBank Number(mRNA) | Size(kb) | GeneRacer? Sequence Beyond GenBank |
| Heterogeneous nuclear ribonuclear protein complex K protein(hnRNP K) | S74678 | 2.3 | +62 |
| Subunit for coatomer complex | X70476 | 3.1 | +38 |
| Muscle phosphofructokinase(PFKM) | M26066 | 2.8 | +16 |
| ADP-ribosylation factor 4 (ARF4) | M36341.1 | 1.5 | +116 |
| Isoleucil-tRNA synthetase | U04953 | 4.5 | +49 |
| Putative tumor suppressor(LUCA 15) | U23946.1 | 2.6 | +81 |
| Thyroid hormone receptor coactivating protein(SMAP) | NM_006696.1 | 3.1 | +52 |
| Cleavage and polyadenylation specificity factor | U37012.1 | 4.5 | +57 |
| Human insulin-like growth factor 2 receptor | NM000876 | 9.0 | +44 |
表1說明
列出的基因使用GeneRacer?步驟擴增。PCR產物使用S.N.A.P.凝膠回收柱回收并克隆至pCR?4-TOPO?載體（Invitrogen）。對每一個基因都隨機挑選了12個克隆并測序。序列同GenBank數據庫中的序列相比較，確定5’末端超出的序列。使用每個基因所獲得的最長序列比較統計超出GenBank序列第一個堿基的多余堿基的數目。
獲得全長的cDNA序列
GeneRacer?試劑盒確保您成功獲得mRNA轉錄本的全長5’和3’序列。每個GeneRacer?試劑盒中包含CIP、TAP、RNA連接酶、SuperScriptⅡ?逆轉錄酶等酶類及其緩沖液，GeneRacer?寡聚RNA，GeneRacer? Oligo dT引物，GeneRacer? PCR引物及RNase抑制劑。同時試劑盒中還包括S.N.A.P.凝膠純化柱以純化PCR產物，還有TOPO Cloning?試劑盒以進行下游測序。使用GeneRacer?試劑盒，您可以高效地得到全長的cDNA 5’和3’末端序列，而不必浪費時間篩選部分缺失或斷裂的序列。