他克莫司軟膏適用于治療因潛在危險而不宜使用傳統療法、或對傳統療法反應不充分、或無法耐受傳統療法的中到重度特應性皮炎患者。 除此之外，他克莫司軟膏還被用于治療其他一些皮膚病，包括但不限于：
特應性皮炎：這是一種常見的慢性皮膚炎癥，表現為皮膚干燥、瘙癢和紅斑。
濕疹：這是一種常見的皮膚炎癥性疾病，特征是皮膚發紅、瘙癢、干燥和剝落。
硬化性苔蘚：這是一種影響皮膚和黏膜的慢性炎癥性疾病。
激素依賴性皮炎：長期使用激素類藥膏后可能產生的一種皮膚狀況。
銀屑病：一種慢性炎癥性皮膚病，表現為紅斑覆蓋以銀白色鱗屑。
扁平苔蘚：一種影響皮膚的慢性炎癥性疾病，可能導致皮膚出現扁平的紫色斑塊。
口腔扁平苔蘚：一種影響口腔黏膜的慢性炎癥性疾病。
白癜風：一種色素脫失導致的皮膚白斑病。