在已報告的伊曲康唑的不良反應中常見胃腸道不適，如厭食、惡心、腹痛和便秘；少見的不良反應包括頭痛、可逆性肝酶升高、月經紊亂、頭暈和過敏反應（如瘙癢、紅斑、風團和血管性水腫）。有個例報告出現了外周神經病變和Stevens-Johnson綜合征（重癥多形紅斑），但后者的原因不明。已有重要的潛在病理改變并同時接受多種藥物治療的大多數患者，在接受伊曲康唑顆粒長療程（約一個月以上）治療時，可見低血鉀癥、水腫、肝炎和脫發等癥狀。
