潛伏期5～15天，一般為10天。起病緩急不一，近半數有前驅癥狀，如全身不適、頭痛、頭昏、畏寒、鼻塞、惡心、嘔吐、食欲不振、稀便等。病程自數日至6個月不等，但多數為1～3周。偶有復發，復發時病程較短，病情也較輕。少數病例病程可遷延數月，甚至數年，稱為慢性活動性EB病毒感染。本病主要臨床表現如下：
1．發熱除極輕型病例外，均有發熱，體溫38．5~40℃，伴畏寒，熱型可呈稽留熱、弛張熱或不規則熱型，熱程自數日至數周，甚至2～4個月者。病程早期可有相對緩脈。
2．淋巴結腫大70％以上患者有淋巴結腫大，大小0．5～4cm，質地中等，無明顯壓痛或輕壓痛，不化膿，雙側不對稱為其特點。以枕后、頸部淋巴結腫大最為常見，腋下、腹股溝次之，胸廓、縱隔、腸系膜淋巴結亦偶可累及。腫大淋巴結消退緩慢，可于急性癥狀消退后持續數周至數月。
3．咽峽炎約半數病人有咽痛。咽、懸雍垂和扁桃體充血或水腫。少數患者咽部黏膜及扁桃體上有潰瘍或假膜形成。軟腭及咽弓處可有出血點，齒齦也可腫脹或有潰瘍。喉、氣管水腫及阻塞罕見。
4．皮疹約10％病例于病程1～2周時出現皮疹，多見于軀干部，皮疹為多形性，可呈斑丘疹、猩紅熱樣皮疹、結節性紅斑、蕁麻疹等，偶呈出血性皮疹。皮疹于3～7天消退，不留痕跡，亦未見脫屑。軟腭淤斑可先于或伴同皮疹出現。
5．肝、脾腫大肝腫大可見于10％的患者，可伴有輕度壓痛，肝功能異常者可達2／3的病例，黃疸少見(在某些流行地區中，黃疸病例可高達15％)。50％~70％的病例有脾腫大，大多在肋緣下2～3cm，偶可發生脾破裂。
6．其他癥狀有眼結膜充血、發紺、鼻出血等。