近年證實偽膜性腸炎患者糞中分離出的難辨梭狀芽孢桿菌，能產生具細胞毒作用的毒素（toxinB）和腸毒作用的毒素（toxinA），前者是偽膜性腸炎的重要致病因素。這些毒素均可使倉鼠發生致死性回盲腸炎。毒素可造成局部腸粘膜血管壁通透性增加，致使組織缺血壞死，并刺激粘液分泌，與炎性細胞等形成偽膜。在健康人群的糞便中，難辨梭狀芽孢桿菌陽性率約5％，住院病人攜帶率約13％，無癥狀的克隆病患者約8％。在50％新生兒及15％～40％的嬰兒糞中，雖可分離出此菌，甚至可有毒素產生，但并無致病作用。
難辨梭狀芽孢桿菌為厭氧的革蘭氏陽性菌，約6～8×0．5μm，芽孢較大，呈卵圓形，位于菌體頂端。動物實驗中，乳酸桿菌可降低本菌的毒力，另其他梭狀芽孢桿菌可使其毒力加強。
廣譜抗生素應用之后，特別是林可霉素、氯林可霉素、氨基芐青霉素、羥氨芐青霉素等的應用，抑制了腸道內的正常菌群，使難辨梭狀芽孢桿菌得以迅速繁殖并產生毒素而致病。本病也可發生于手術后，特別是胃腸道癌腫手術后，以及其他有嚴重疾病如腸梗阻、惡性腫瘤、尿毒癥、糖尿病、心力衰竭、敗血癥等患者，這些病例一般抗病能力和免疫能力極度低下，或因病情需要而接受抗生素治療，機體的內環境發生變化，腸道菌群失調，有利于難辨梭狀芽胞桿菌繁殖而致病。
難辨梭狀芽孢桿菌及其毒素為本病致病因素，但糞中毒素的效價高低與病情的輕重并不平行。由此說明該菌毒素并非影響疾病嚴重程度的唯一因素。