在使用抗生素期間或停用抗生素后短期內，特別是在應用林可霉素、氯林可霉素后，突然出現無紅細胞的粘液腹瀉；或腹部手術后病情反而惡化，并出現腹瀉時，應想到本病。通過乙狀結腸鏡檢查，見到偽膜及糞中細胞毒素測定陽性可迅速獲得診斷。
（一）實驗室檢查周圍血白細胞增多，多在10，000～20，000／mm3以上，甚至高達40，000／mm3或更高，以中性粒細胞增多為主。糞常規檢查無特異性改變，僅有白細胞，肉眼血便少見。有低白蛋白血癥、電解質失平衡或酸堿平衡失調。糞便細菌特殊條件下培養，多數病例可發現有難辨梭狀芽孢桿菌生長。糞內細胞毒素檢測有確診價值，將患者糞的濾液稀釋不同的倍數，置組織培養液中，觀察細胞毒作用，1∶100以上有診斷意義。污泥梭狀芽孢桿菌抗毒素中和試驗常陽性。
（二）內鏡檢查在高度懷疑本病時，應及時作內鏡檢查。本病常累及左半結腸，而直腸可無病變。乙狀結腸鏡檢查是重要的診斷手段之一。如病變在右半結腸，則需用纖維結腸鏡檢查。如在初期未發現典型病變者尚需重復進行。內鏡肉眼觀察：在早期或治療及時者，內鏡可無典型表現，腸粘膜可正常，或僅有輕度充血、水腫。嚴重者可見到粘膜脆性增強及明顯潰瘍形成，粘膜表面覆有黃白或黃綠色偽膜。
（三）X線檢查腹部平片可顯示腸麻痹或輕、中度腸擴張。鋇劑灌腸檢查可見腸壁增厚，顯著水腫，結腸袋消失。在部分病例尚可見到腸壁間有氣體，此征象為部分腸壁壞死，結腸細菌侵入所引起；或可見到潰瘍或息肉樣病變表現。上述X線表現缺乏特異性，故診斷價值不大。空氣鋇劑對比灌腸檢查可提高診斷價值，但有腸穿孔的危險，應慎用。
本病應與潰瘍性結腸炎、結腸Crohn病、缺血性腸炎以及艾滋病結腸炎等相鑒別。