低聚麥芽糖是淀粉經淀粉酶初級水解生成的產物，屬于普通低聚糖。
一、化學結構不同
1、低聚麥芽糖：麥芽糖是兩個葡萄糖分子以α一1，4糖苷鍵相聯接雙糖。
2、低聚異麥芽糖：異麥芽糖是兩個葡萄糖分子以α一1，6糖苷鍵相聯接雙糖。
二、特性不同
1、低聚麥芽糖：具有易消化、低甜度、低滲透特性
2、低聚異麥芽糖：低聚異麥芽糖糖漿為無色或淺黃色，透明粘稠液體，甜味柔和，無異味，無正常視力可見雜質。糖粉為無定型粉末，甜味柔和，無異味，無正常視力可見雜質。
三、作用
1、低聚麥芽糖：對人體內有益的雙歧桿菌有強大的增殖作用，凈化腸道，促進腸蠕動，防止和解除便秘及腹瀉，抑制體內有害菌的繁殖和有毒腐敗物質的產生。對分泌體內多種毒素的產氣莢膜梭狀芽胞桿菌有明顯抑制作用，增強免疫力、降低膽固醇和血脂，促進老年人對鈣質的吸收，是駐防老年人骨質疏松的有效營養補劑，還可阻斷蔗糖被變異鏈球菌分解，抑制蛀牙。
2、低聚異麥芽糖：低聚異麥芽糖有上述許多優良的性質和保健生理功能，適合代替部分蔗糖，添加到各種飲料、食品中。還可作為畜肉加工品、水產制品、果醬油、蜂蜜加工品等的配料。