目前使用較廣泛的為色譜聯用分析法和色譜與核磁共振聯用分析法。
色譜與質譜的聯用是應用于藥物分析中最為活躍的技術， 能夠使樣品的分離、定性、定量一次完成。色譜技術為質譜分析提供了純化的試樣， 質譜則提供準確的結構信息。
液相色譜-質譜聯用（LC-MS）是目前最重要的分離分析方法之一，HPLC的高分離性能和MS的高選擇性，高靈敏度及豐富的結構信息相結合，已成為體內藥物分析研究中強有力的工具。分析前樣品預處理簡單， 一般無需衍生化或水解， 更適合于體內藥物的分離和鑒定。
GC-MS聯用技術已經是一門成熟的分析鑒定技術， 適合于揮發性強、熱穩定的藥物的分離。
隨著核磁共振（NMR）儀在靈敏度、分辯率、動態范圍等方面技術的提高， 色譜， 特別是HPLC與NMR 儀直接聯用已成為可能， 并已經成為體內藥物分析中有力的結構鑒定技術之一。