一、微生物相關概念：
微生物包括細菌、病毒、真菌和少數藻類等。（但有些微生物是肉眼可以看見的，像屬于真菌的蘑菇、靈芝等。）病毒是一類由核酸和蛋白質等少數幾種成分組成的“非細胞生物”，但是它的生存必須依賴于活細胞。
在人的體表及與外界相通的口腔、鼻咽部、腸道、泌尿生殖道等腔道中寄居著微生物，在正常情況下對宿主無害而有益，這樣的微生物為正常微生物群，其中以細菌為主，通稱正常菌群。
二、病原菌：
是指能入侵宿主引起感染的微生物，包括細菌、真菌、病毒等。病原菌按致病性分類如下：
1、致病菌:
致病菌（種類少，毒力強）
2、條件致病菌:
（種類多并在不斷增加，毒力弱）
三、微生物檢測
是指從病人的痰、尿、血液、穿刺液（胸腹水、關節液、心包液）、腦脊液、化膿及創傷口等處獲取原液，擴大培養，鑒定菌種，最終確定抗生素的種類和濃度（藥敏試驗）的一整套流程。我國醫療機構常規臨床微生物檢測項目有 7 類。1.細菌檢測2.真菌檢測3.衣原體檢測4.支原體檢測5.梅毒螺旋體檢測6.病毒檢測7.其它檢驗試驗。
微生物診斷流程
四、微生物診斷技術
1、傳統診斷技術：生化檢測和免疫檢測
2、PCR技術：
聚合酶鏈反應(Polymerase Chain Reaction，PCR)是指在 DNA 聚合酶催化下，以母鏈 DNA 為模板，以特定引物為延伸起點，通過變性、退火、延伸三步驟，在體外復制出與模板互補的子鏈 DNA 的過程。它具有特異性強、靈敏度高、重復性好等突出優點，能在短時間內將目的基因片段擴增至十萬乃至百萬倍。
3、質譜檢測技術：
質譜技術鑒定微生物是利用已知的菌種建立數據庫，通過對待測樣本進行檢測，獲得其蛋白質圖譜，再將所得的質譜圖與數據庫中的微生物參考圖譜進行比對，從而得到鑒定結果。其檢測流程一般分為三個部分：1）臨床樣本的預處理；2）樣本上機檢測；3）對比蛋白質指紋圖譜數據庫得出鑒定結果。