(二)質粒的大量制備:
1.將5ml轉化菌種接種于500ml LB培養液(含用于篩選的抗生素)中,37℃以225rpm速度振蕩培養12~16小時;
2.10,000rpm,4℃離心15min收集菌體;
3.將細菌懸浮于100ml預冷的STE(0.1M NaCl,10mM Tris.Cl,pH8.0,1mM EDTA,pH8.0)中,12,000rpm離心收集菌體;
4.將菌體懸于10ml細菌懸浮液中,再移至50ml離心管中;
5.加入1ml用10mM Tris.Cl (pH 8.0)新鮮配制的溶菌酶溶液(10mg/ml),混合后室溫孵育30min;
6.加入15ml新鮮配制的細胞裂解液,上下顛倒混合直至溶液變黏稠為止;
7.加入10ml預冷的中和液,上下顛倒混勻,冰浴10min;
8.12,000rpm,4℃離心20min;
9.將上清通過四層消毒紗布濾入另一50ml離心管中,加入0.6倍體積的異丙醇,室溫放置10min,12,000rpm,室溫離心5min;
10.棄上清,于沉淀中加入水和RNase,置室溫30min,然后用氯仿/異戊醇(24:1)抽提一次,于上層水相中加入0.1倍體積3M NaAC(pH5.2)和2.5倍體積無水乙醇,-20℃ 沉淀15min,12,000rpm離心15min;
11.棄上清,用75%乙醇室溫洗一次,12,000rpm,離心10min;
12.棄上清,真空干燥或自然干燥質粒DNA;
13.加適量去離子水或TE緩沖液(pH8.0)溶解質粒DNA,-20℃保存備用。
四、 DNA酶切,電泳分離與片段的回收
【實驗目的】
掌握常用限制性內切酶的作用特點以及使用方法。
掌握DNA瓊脂糖凝膠電泳的操作與DNA片段的回收。
【實驗原理】
目的DNA被限制性核酸內切酶水解后產生大小不同的DNA片段,這些DNA片段在一定濃度的瓊脂糖凝膠電泳上可以按分子大小不同而分開,并可以用不同的方法再把這些DNA片段從瓊脂糖凝膠上回收回來。
限制性核酸內切酶水解DNA的活性與酶的單位數,緩沖液的離子強度和反應溫度有關。
【實驗試劑與器材】
限制性內切酶
10×內切酶緩沖液
瓊脂糖
(一)DNA分子的酶切消化
【實驗方法與步驟】
DNA分子用限制性內切酶消化,通常按下列比例進行:
雙蒸餾水 適量
10×內切酶緩沖液 1/10體積
DNA 1μg
限制性內切酶 1/10體積 (DNA用1-10U)
總體積 混勻后37℃溫育 30~120min
(二)DNA酶切片段的瓊脂糖凝膠電泳
【實驗原理】
核酸在pH高于其等電點的溶液中帶負電荷,在電場中向正極移動。瓊脂糖凝膠具有多孔的網狀結構,以其為介質進行電泳時,不同大小的核酸可借凝膠的分子篩作用而得以分開。用溴化乙啶染色后,在紫外燈下,可見橘紅色的核酸條帶。瓊脂糖凝膠常制成水平平板狀,電泳緩沖液覆蓋在平板表面,加樣后,通電進行電泳,故稱為潛水式電泳。
【實驗試劑與器材】
1.5×TBE: 54g Tris堿,27.5g硼酸,20ml 0.5mol/L EDTA(pH 8.0),配1升。
2.0.5xTBE: 取5×TBE 作10倍稀釋
3.溴化乙啶液: 10mg/ml水
4.6×載樣緩沖液: 0.25%溴酚藍,40%(W/V)蔗糖水溶液
【實驗方法與步驟】
1.鑄膠 1g瓊脂糖加0.5xTBE緩沖液100ml,在微波爐上加熱融化,冷卻至放在手背不覺燙手(約50℃)后,傾入架有樣品孔形成器(梳子)的微型水平電泳槽中。膠液固化后,倒入0.5xTBE至高出膠面1~2mm,拔出梳子,接好電源線(注意正負極)。
2.加樣 核酸樣品中加入樣品體積1/6的6x載樣緩沖液,混勻后,用移液器加入樣品孔內。
3.電泳 接通電源,施加的電壓應小于5v/cm,待溴酚藍跑至適當位置時,關閉電源。
4.染色和結果觀察 向微型電泳槽內滴加溴化乙啶液,至終濃度約為0.5μg/ml,混勻后放置約30min,在254nm紫外燈下觀察電泳結果,做好記錄。
【注意事項】
1.溴化乙啶是致癌劑,并有中度毒性,實驗中要戴防水手套,不要污染環境。紫外燈下觀察結果時,應戴防護眼鏡。
2.也可將溴化乙啶預先加入瓊脂糖中,使濃度達0.5μg/ml進行配膠。
3.瓊脂糖的濃度一般用0.8%~1.2% ,可隨欲分離核酸分子的大小作調整,分子大用低濃度凝膠,分子小用高濃度膠。分離RNA時要用變性膠。