1、乙琥胺糖漿較少見的不良反應有：行為或精神狀態的改變、皮疹或發癢、咽痛或發熱伴粒細胞減少、紅斑狼瘡樣淋巴結腫脹、血小板減少而致出血或瘀斑；
2、乙琥胺糖漿持續出現需注意的不良反應；較常見的有食欲減退、呃逆、惡心或嘔吐、胃部不適，較少見的有：眩暈、嗜睡、頭痛、激惹或疲乏。
可引起惡心，嘔吐，食欲不振，腹脹，腹瀉，眩暈，頭痛，嗜睡，幻覺，呃逆；個別病例白細胞減少，再生障礙性貧血；可引起肝腎損害.個別出現蕁麻疹，紅斑狼瘡樣過敏反應.
胃腸道副反應有惡心、嘔吐、胃部不適、腹痛等，另有頭痛、頭昏、嗜睡乏力、共濟失調、打呃、欣快。少見副反應有運動障礙、人格改變、皮疹、紅斑、狼瘡。血液系統反應少見(白細胞減少、伊紅細胞增多癥、血小板減少性紫癜、粒細胞缺乏癥、再生障礙性貧血)。血中肝腎功能(SGPT、肌酐、尿素氮等數值)異常。
曾有人認為本藥可誘發大發作，但尚難定論。故在有大發作和小發作的混合發作的癲癇，注意合用抗大發作的癲癇藥物。