在無機基質材料中最重要最基本的是硅膠，多孔硅膠的特點是化學惰性、熱穩定性和機械強度好，使用壽命長，可在柱中直接更換溶劑。以硅膠為基質的無機凝膠的最大問題是其表面殘余硅羥基所導致的“二級效應”，它會使GPC譜圖復雜化。為解決這一問題，通常通過與小分子硅烷化試劑的作用，盡可能地將表面殘余的硅羥基加以覆蓋。由于多孔硅膠的機械強度很高，因此在交聯聚苯乙烯凝膠之后，細粒度的多孔硅膠已經發展成為一種很好的高速、高效凝膠色譜填料。
多孔玻璃是一類和多孔硅膠很相似的無機凝膠，它是堿性硼硅酸鹽玻璃經高溫分相，再用酸洗去堿性可溶相的產物。它的優點是可以做到孔徑分布很窄，對某一分子量范圍的分離特別有效，選擇性強；孔性結構好有利于試樣分子的傳質過程。缺點是質脆易碎，柱子裝填不緊，柱效低。