卡那霉素的不良反應，發生率較高者有聽力減退、耳鳴或耳部飽滿感(耳毒性)，血尿、排尿次數減少或尿量減少、食欲減退、極度口渴(腎毒性)、步履不穩、眩暈(耳毒性、影響前庭)、惡心或嘔吐(耳毒性、影響前庭、腎毒性)。發生率較少者有呼吸困難、嗜睡或軟弱(神經肌肉阻滯，腎毒性)。停藥后發生聽力減退、耳鳴或耳部飽滿感，提示可能耳毒性并需引起注意。可有聽力及腎損害.可引起胃腸道反應：惡心,嘔吐,食欲不振,腹脹,腹瀉.偶有過敏反應,皮疹,藥熱等.嚴重者可有休克死亡.也可有神經系統癥狀,心肌抑制,呼吸衰竭等。
