①奎寧每日用量超過1g或連用較久，常致金雞納反應，此與水楊酸反應大致相似，有耳鳴、頭痛、惡心、嘔吐，視力聽力減退等癥狀，嚴重者產生暫時性耳聾，停藥后常可恢復；
②24小時內劑量大于4g時，可直接損害神經組織并收縮視網膜血管，出現視野縮小、復視、弱視等；
③大劑量中毒時，除上述反應加重外，由于抑制心肌、擴張外周血管而致血壓驟降、呼吸變慢變淺、發熱、煩躁、讒妄等，多死于呼吸麻痹；
④奎寧致死量約8g；
⑤少數病人對奎寧高度敏感，小量即可引起嚴重金雞納反應；
⑥少數惡性瘧患者使用小量奎寧可發生急性溶血（黑尿熱）致死；
⑦奎寧還可引起皮疹、瘙癢、哮喘等。
白細胞減少，頭痛，眩暈，耳鳴，可引起胃腸道反應：惡心嘔吐，食欲不振，腹脹，腹瀉。視物模糊（復視），聽力下降。特異質者出現急性溶血，血管神經性水腫，支氣管哮喘。劑量過大時有心源性虛脫，心動過速，呼吸困難，妊娠期可引起流產。光敏反應。嚴重過量時呼吸困難，死亡。
【心血管系統】高度敏感的人長期應用正常量，或過量，心電圖上可見QRS增寬、ST延長、T波改變、傳導紊亂或室性心動過速。嚴重中毒者可發生循環虛脫。
【呼吸系統】可出現過敏性哮喘，奎寧中毒時可導致呼吸受抑制。
【神經系統】可出現頭痛、耳鳴、眩暈，中毒可引起驚厥及昏迷。也可發生肌病。
【消化系統】常見有惡心，過量可致有腹痛及腹瀉。1例發生肉芽腫性肝炎，表現為發熱、惡心、嘔吐及多關節痛。
【泌尿系統】奎寧中毒時可發生腎衰，可能由于循環衰竭之故。
【造血系統】可發生血小板減少，敏感的人甚至小劑量即可出現血小板減少、血小板減少性紫癜或急性血管內溶血伴腎損害或腎衰。應用奎寧治療時可發生溶血性貧血，即過去所謂的黑水熱。個別病例可發生粒細胞減少。
【內分泌、代謝】奎寧可致血糖降低，甚至發生低血糖癥，同時血中胰島素濃度升高。
【特殊器官】黑朦是最嚴重的不良反應，最明顯的癥狀是視野縮小及視力喪失，停藥后可恢復。在早期應用星狀神經節封閉治療黑朦有效。急性奎寧中毒時，首先出現瞳孔擴大，對光反應存在，個別病例的瞳孔可出現蠕動樣運動，隨后視力完全喪失，多數患者是一過性的，少數為永久性失明。奎寧過量時常見有耳鳴，連續長期應用可致永久性聽力障礙。
【皮膚】奎寧皮疹是過敏反應的表現，有發生對陽光過敏者。局部敷奎寧可發生接觸性皮炎和對光過敏。