治療量的異煙肼不良反應少，毒性小，可有頭痛、眩暈等輕微反應。較大劑量（每日超過6mg/kg）常見外周神經炎、四肢感覺異常、反射消失、肌肉輕癱和精神失常等，因而有癲癇、嗜酒、精神病史者慎用。這些癥狀與維生素B6缺乏有關。其發生機制可能是異煙肼與維生素B6結構相似， 而競爭同一酶系或結合成腙，由尿排泄，降低了維生素B6的利用，引起氨基酸代謝障礙，而產生周圍神經炎。而維生素B6缺乏時谷氨酸生成GABA出現障礙， 使中樞抑制性遞質GABA減少，產生中樞興奮、失眠、煩躁不安，甚至驚厥、誘發精神分裂癥和癲癇發作。同服維生素B6可治療或預防之。大劑量異煙肼可損害肝臟，引起轉氨酶暫時性升高。快乙酰化、35歲以上及嗜酒者較易發生。因此，用藥期間，應定期檢查肝功能，肝病患者慎用，一旦發現肝炎，嚴禁繼續使用。