由于恩氟烷的麻醉深度改變迅速，應該使用有準確計量的揮發罐。試圖明確恩氟烷對肝臟或腎臟功能沒有損害其實意義不大。目前尚不明了反復使用恩氟烷與肝臟損害之間是否有相關性。在獲得明確結果之前，對于使用恩氟烷后發生不明原因的發熱或伴有黃疸者最好不使用恩氟烷麻醉。對恩氟烷敏感的患者可能出現骨骼-肌肉高代謝狀態以及惡性高熱。該綜合征包括肌肉強直、心動過速、呼吸急促、紫紺、心律失常及血壓波動。其治療方法包括終止麻醉、給予丹曲洛林及支持治療。可能繼發腎功能衰竭，條件允許時應該導尿。恩氟烷對腦電圖的影響與其他吸入性麻醉藥物類似。使用超過推薦劑量的恩氟烷來加深麻醉時，可產生特異性腦電圖改變，其特點為在電靜息過程中產生高電壓和高頻率的棘形復合波。該波形的發生有時還伴有個別肌肉或多個肌群的強直性痙攣。這種痙攣的發生在降低恩氟烷的濃度后可自行停止。恩氟烷不宜用于有痙攣性疾患的病人。這種伴發于麻醉過深的腦電圖波形改變在過度通氣及動脈CO2分壓下降情況下更嚴重。該特異波形的出現是一種麻醉過深的警告。通過減小恩氟烷的劑量和/或降低呼吸頻率可抑制肌肉痙攣。通過單次給予小劑量肌松劑也可迅速解除肌肉痙攣。有關健康志愿者的血流動力學和腦代謝的研究表明，在出現特異性棘波期間，腦部不存在缺氧，患者蘇醒無異常。該藥可刺激大腦皮層，所以對皮層刺激敏感者應慎用恩氟烷。有個例報道可增加一氧化碳結合的血紅蛋白濃度的氟烷類吸入藥包括：地氟醚、恩氟烷和異氟烷。如果正常使用干燥劑，則恩氟烷產生的一氧化碳濃度并無明顯增高。請注意嚴格按照制造商的要求使用二氧化碳吸收物。
警告：由于恩氟烷屬于麻醉藥，所以使用者可完全喪失駕駛車輛和操作儀器的能力。將藥物置于兒童不能觸及的地方。已有報道如果恩氟烷與未完全濕潤的氫氧化鈉或氫氧化鋇過濾器作用可產生一氧化碳。吸入一氧化碳可導致患者一氧化碳結合的血紅蛋白濃度升高。低濃度一氧化碳與血紅蛋白結合即有毒性。而且不易通過常用的氧飽和度監測表現出來。使用閉合環路進行恩氟烷麻醉時，如果患者出現低氧而常規方法無法糾正時，應該考慮直接測量一氧化碳結合血紅蛋白的濃度。務必采取辦法避免鈉石灰過濾器脫水。