次氯酸應儲存于陰涼、通風的庫房。遠離火種、熱源。庫溫不超過30℃，相對濕度不超過80%。包裝要求密封，不可與空氣接觸。應與還原劑、酸類、易（可）燃物等分開存放，切忌混儲。不宜大量儲存或久存。儲區應備有合適的材料收容泄漏物。
次氯酸是外用消毒劑，不得口服，置于兒童不易觸及處。配制和分裝高濃度消毒液時，應戴口罩和手套；使用時應戴手套，避免接觸皮膚。如不慎濺入眼睛，應立即用水沖洗，嚴重者應就醫。次氯酸對金屬有腐蝕作用，對織物有漂白、褪色作用。金屬和有色織物慎用。次氯酸是強氧化劑，不得與易燃物接觸，應遠離火源。此外，次氯酸的包裝應標示相應的安全警示標志。應依照具體產品說明書注明的使用范圍、使用方法、有效期和安全性檢測結果使用。