曾有氟康唑用藥過量的報道。氟康唑口服1600mg/日，肝功能化驗值上升；口服2000 mg/日，出現中樞神經障礙（精神錯亂、嗜睡、視覺障礙、不眠、惡夢、幻覺），多型性紅斑、惡心、嘔吐、肝功能化驗值上升。一例年齡為42歲、因艾滋病病毒感染的患者，服用氟康唑8200mg后，出現了幻覺和興奮性偏執行為。這位患者被收住醫院后48小時內病情恢復正常。
對用藥過量的患者，可只采用對癥治療（支持治療）。
氟康唑大部分由尿排出，強迫利尿可能增加其清除率。經血液透析治療3小時，可使氟康唑的血漿濃度降低約50%。
