1、氯普噻噸的不良反應常見直立性低血壓（甚至暈倒）肌肉僵直（以頸背部明顯）、雙手或手指震顫或抽動、面、口或頸部的肌肉抽搐。
2、遲發性運動障礙、皮疹或接觸性皮炎較為少見。
3、罕見的不良反應有粒細胞減少癥、眼部細微沉積物感和黃疸。
4、氯普噻噸應高度重視的不良反應有視覺模糊不清、便秘、出汗減少、頭暈、萎靡、口干、光敏反應、鼻黏膜充血、心動過速、月經失調、性欲減退、排尿困難及乳腺腫脹。
5、錐體外系反應較氯丙嗪少見。
