(1) 有支氣管哮喘、皮疹、蕁麻疹等過敏性疾病家族史的患者慎用。
(2) 腎功能不全患者：嚴重腎功能不全患者血藥濃度持續較高；因本品中的氯化鈉可解離出鈉離子，可導致高血鈉癥。
(3) 心臟或循環系統功能異常者慎用。注射用甲磺酸帕珠沙星中含有氯化鈉易導致水鈉潴留，從而使水腫癥狀加重。
(4) 有抽搐或癲癇等中樞神經系統疾病的患者慎用。
(5) 6-磷酸葡萄糖脫氫酶缺乏患者慎用注射用甲磺酸帕珠沙星。
(6) 注射用甲磺酸帕珠沙星可能導致休克，所以應用注射用甲磺酸帕珠沙星前要詳察有無過敏休克病史，以便在治療期前準備必要的搶救藥品和急救監護措施，以防止休克的發生。使用時如果出現過敏性休克，除急救外，尚需密切觀察病人的神智、臉色、血壓，保證患者的安全。