1、血液和淋巴系統癥狀
阿糖胞苷是一種骨髓抑制劑，應用后會出現貧血、白細胞減少、血小板減少、巨幼紅細胞增多和網織紅細胞減少。這些反應的嚴重程度取決于劑量和療程。骨髓和周圍血涂片可見細胞形態學改變。5天連續靜脈滴注或50mg/m2-600mg/m2快速注射后，呈雙相白細胞抑制。與用藥前的細胞計數、劑量或療程無關，白細胞計數在24小時內開始下降，7—9天達低谷，然后在12天時有一個短暫的上升。第二次更嚴重的下降出現在15—24天，白細胞計數在隨后的10天內迅速上升至用藥前水平。可明顯觀察到在第5天出現血小板抑制，并在12—15天降至最低點，然后在以后的10天內迅速上升至用藥前水平。
2、感染和侵染
身體任何部位的病毒、細菌、真菌、寄生蟲或腐生生物感染，可能與使用阿糖胞苷單藥或與其他免疫抑制性藥物（其劑量已影響到細胞或體液免疫）聯合使用有關。此類感染可能很輕微，也可能非常嚴重，甚至有時是致命的。
3、阿糖胞苷綜合征
Castleberry描述了阿糖胞綜合征。其主要表現為：發熱、肌痛、骨痛、偶爾胸痛、斑丘疹、結膜炎和不適。通常發生于用藥后6—12小時。皮質類固醇能預防和治療此綜合征。如認為需要治療此綜合征，皮質類固醇可與本品同時應用。
其他不良反應包括：
感染和侵染：肺炎、膿毒血癥、注射部位蜂窩織炎
免疫系統癥狀：過敏反應、過敏性水腫
代謝和營養癥狀：厭食
神經系統癥狀：神經毒性、神經炎、頭暈、頭痛
眼部癥狀：結膜炎（可伴皮疹）
心臟癥狀：心包炎
血管癥狀：血栓性靜脈炎
呼吸系統、胸部及縱隔癥狀：氣促、咽喉痛
胃腸道癥狀：胰腺炎、食道潰瘍、腹痛、腹瀉、食管炎、惡心/嘔吐、口腔和肛門炎癥或潰瘍
肝膽系統癥狀：肝功能異常、黃疸
皮膚和皮下組織癥狀：皮膚潰瘍、脫發、色素斑、皮疹、瘙癢、蕁麻疹
腎臟和泌尿系統癥狀：曾功能異常、尿潴留
全身和給藥部位癥狀：胸痛、發熱、注射部位反應（皮下注射部位疼痛和炎癥）