腎、肝和心肝移植：
環孢素治療的主要不良反應是腎功能障礙、震顫、多毛、高血壓和牙齦增生。
通常為輕至中度的高血壓可見于約50%腎移植病人和多數心臟移植病人。
曾在環孢素治療病人中發現腎小球毛細血管血栓形成，并可能進展為移植物衰竭。病理改變與溶血性尿毒癥相似，包括腎小球毛細血管和輸入小動脈被血小板-纖維蛋白血栓閉塞而導致的腎微脈管系統血栓形成、微血管病溶血性貧血、血小板減少、腎功能下降。在移植術后使用其它免疫抑制劑也有相似的發現。
曾有報道，一些(但不是全部)用環孢素治療時發生驚厥的病人出現了低鎂血癥。雖然在正常人進行的鎂除去試驗提示低鎂血癥與神經紊亂有關，但似乎是包括高血壓、大劑量甲潑尼龍、低膽固醇血癥在內的多種因素及與環孢素高血漿濃度有關的神經毒性共同導致了環孢素毒性的神經病學表現。
對照試驗中，將環孢素膠囊(改進品)和環孢素膠囊(非改進品)的劑量調整至產生相同的環孢素谷濃度，結果在493名用環孢素膠囊(改進品)治療的移植病人觀察到的不良反應的性質、程度和發生率與在208名服用環孢素膠囊(非改進品)的移植病人觀察到的相近。
臨床試驗用環孢素口服溶液(非改進品)治療的750名腎移植病人中，因各種原因終止治療的病人百分數如下：腎素性5.4%，感染0.9%、無效1.4%，急性腎小管環死1.0%，淋巴組織增生紊亂0.3%，高血壓0.3%，高血壓0.3%，其它原因0.7%。
下述反應在環孢素膠囊(非改進品)治療病人的發生率≤2%：過敏反應、貧血、厭食、意識模糊、結膜炎、水腫、發熱、指甲易碎、胃炎、聽力喪失、呃逆、高血糖、肌肉痛、消化性潰瘍、血小板減少、耳鳴。
下述反應罕見：焦慮、胸痛、便秘、抑郁、頭發斷裂、血尿、關節疼、嗜眠、口腔潰瘍、心肌梗塞、夜汗、胰腺炎、瘙癢、吞咽困難、麻刺感、上消化道出血、視覺障礙、虛弱、體重下降。