對氟西汀或其輔料成份過敏患者禁用。
單胺氧化酶抑制劑（MAOI）：有報告在接受選擇性5-羥色胺再攝取抑制劑（SSRI）治療的患者同時合并單胺氧化酶抑制劑（MAOI），以及近期終止SSRI治療轉而開始單胺氧化酶抑制劑治療的患者中間出現嚴重的、有時甚至是致命的反應。氟西汀的治療必須在不可逆的MAOI停藥2周之后開始。
有些病例可表現出類似5-羥色胺綜合征（類似神經阻滯劑惡性綜合癥并可能被作出如此診斷）的特點。賽庚啶或丹曲林可能會對此類病人的治療有益。合用MAOI的患者出現的反應包括：高熱、僵硬、肌陣攣、自主神經系統不穩定伴有生命體征的迅速波動、以及精神狀態的變化，包括極度的激越，可能發展為譫妄和昏迷。
因此，氟西汀不宜與非選擇性MAOI合并使用。同樣，至少應在停用本藥5周后，方可開始使用MAOI。如果氟西汀長期使用和/或服用劑量較高時，可能需要更長的時間方可開始單胺氧化酶抑制劑治療。
不推薦合用可逆性MAOI（例如嗎氯貝胺）。氟西汀的治療可以在可逆性MAOI停藥后第二天開始。