1.肝、腎功能不全、食道通過障礙者、老年人、口服吸收不良或不能進食者及全身狀態惡化患者（因易引發維生素K缺乏癥）慎用。
2.由于具有前庭毒性，本品已不作為腦膜炎奈瑟菌帶菌者和腦膜炎奈瑟菌感染的治療藥物。
3.對本品過敏者有可能對其他四環素類也過敏。
4. 服用鹽酸米諾環素治療的患者，在駕車或操作危險機械時應格外小心。因為在鹽酸米諾環素治療期間，報道有中樞神經系統的副作用，包括頭暈、頭昏或眩暈。這些癥狀在治療期間可能消失，通常停藥后消失。由于可致頭暈、倦怠等，汽車駕駛員、從事危險性較大的機器操作及高空作業者應避免服用本品。
5.使用鹽酸米諾環素中發生的其他非常罕見的嚴重事件包括斯-瓊氏綜合征（Stevens-Johnson綜合征）和中毒性表皮壞死松懈癥。如果懷疑發生上述的任何一種嚴重的皮膚反應，應停用鹽酸米諾環素。
6. 有報道使用四環素類藥物可能會引起腦假瘤（良性顱內壓增高），通常臨床表現有頭痛和視物模糊。當四環素用于嬰兒時，還有囪門凸出的報道。盡管以上情況和其它相關癥狀多在停藥后消失，永久性后遺癥仍有可能存在。
7. 本品滯留于食道并崩解時，會引起食道潰瘍，故應多飲水，尤其臨睡前服用時。
8. 急性淋病奈瑟菌性尿道炎患者疑有初期或二期梅毒時，通常應進行暗視野檢查，疑有其他類型梅毒時，每月應進行血清學檢查，并至少進行4個月。
9. 嚴重腎功能不全患者的劑量應低于常用劑量，如需長期治療，應監測血藥濃度。
10. 用藥期間應定期檢查肝、腎功能。
11. 本品有可能引起光敏性皮炎，應告知患者在服用四環素類藥物期間可引起較重的曬斑反應，故用藥期間應避免日曬。
12. 肝功能損害患者：據報道鹽酸米諾環素有肝毒性；因此，在肝功能不全患者以及與其他肝毒性藥物合用時應謹慎使用。
13. 腎功能損害患者：四環素類藥物的抗合成代謝作用可引起血尿氮水平升高。在嚴重腎功能損害患者中，高血清水平的四環素類藥物可導致氮質血癥、高磷酸血癥和酸中毒。如果存在腎功能損害，即使通常的口服及注射劑量均可導致藥物在人體內的過度蓄積及肝臟毒性。
14. 對實驗室檢查指標的干擾：
(1) 測定尿鄰苯二酚胺（Hingerty法）濃度時，由于本品對螢光的干擾，可能使測定結果偏高。
(2) 可能使堿性磷酸酶、血清淀粉酶、血清膽紅素、血清氨基轉移酶（AST、ALT）的測定值升高。
15. 實驗室監測：患者應定期進行身體各系統功能檢查，包括造血系統、腎功能和肝功能。
16. 本品可與食品、牛奶或含碳酸鹽飲料同服。
17.于受控室溫20℃~25℃（68℉~77℉）條件下貯藏，避免將本品保存于光照、潮濕和過熱的地方。