按照系統器官和發生率，對不良反應進行了分類，其中發生頻率的分類類別為：
非常常見 (≥10%)；常見 (≥1%，<10%)；不常見 (≥0.1%，<1%)；罕見(≥0.01%，<0.1%)，非常罕見(<0.01%)。
眼睛的征象：
·非常常見：角膜微沉淀，在成人中幾乎會普遍地出現，通常局限于瞳孔下面的區域，并不提示為治療的禁忌。在例外情況下，它們可能伴有有色的耀眼的暈輪或視力模糊。這種角膜微沉淀由復合的脂質沉積組成，在停止胺碘酮治療后通常完全可逆。
·非常罕見：伴有視物模糊、視力減退和眼底視乳頭水腫的視神經病（視神經炎）。視覺靈敏度可能會或多或少地降低。現在，這種視神經病與胺碘酮之間的關系尚沒有確立。但是，如果出現任何其它明顯的原因，推薦暫停胺碘酮給藥。
皮膚的征象：
非常常見：光過敏反應。在胺碘酮治療期間，建議患者避免暴露于陽光（以及紫外光）下。
常見：在每日高劑量長期治療過程中，患者的皮膚出現的淡紫色或藍灰色色素沉著；在治療停止之后，這種色素沉著將緩慢地消失（10-24個月）。
非常罕見：
·在放射治療期間出現的紅斑。
·皮疹，一般沒有非常強的特異性。
·剝脫性皮炎，雖然剝脫性皮炎與胺碘酮之間的相互關系尚沒有確立。
·脫發。
風疹
甲狀腺征象：
非常常見：
·在缺乏任何甲狀腺機能障礙臨床征象的情況下，可以出現“分離”的甲狀腺激素水平（T4水平增加，T3水平正常或輕微下降），這并不需要停止治療。
常見：
·具有典型表現的甲狀腺機能減退：體重增加、畏寒、淡漠、昏昏欲睡；如果TSH出現明確的增高，則提示上述診斷。在停止胺碘酮治療后1-3個月內，甲狀腺功能可以逐漸恢復正常：停止治療不是必需的。如果有正當理由的治療指征，那么可以繼續應用胺碘酮治療，在胺碘酮治療的同時聯合應用L-甲狀腺素替代治療，將TSH水平作為給藥劑量的指導。
·甲狀腺機能亢進更加具有誤導性：患者很少具有癥狀（輕微的無法解釋的體重下降，抗心絞痛和/或抗心律失常治療有效性下降）：在老年患者中表現為精神病的形式，或者甚至表現為甲狀腺毒癥。
·超敏TSH水平的下降可以確定這種診斷。有必要暫停胺碘酮的治療：在3-4周之內，通常足以獲得臨床恢復。嚴重的病例可以導致患者的死亡，需緊急給予恰當的治療。
·如果考慮甲狀腺毒癥，無論是出于甲狀腺本身原因還是甲狀腺所致的心臟失衡，當合成的抗甲狀腺藥物效果不恒定，則提示應直接應用皮質類固醇（1mg/kg）治療，治療時間應該足夠長（3個月）。在停止胺碘酮治療后的數月內，仍有甲狀腺機能亢進的病例報道。
肺臟征象：
常見：已經報道了彌漫性間質性或肺泡性肺病和閉塞性細支氣管炎伴機化性肺炎（BOOP），有時候這些疾病是致死性的。如果出現呼吸困難或干咳，無論單發，還是合并全身狀態惡化（疲乏、體重下降、發熱），均需要進行放射學對照檢查，如果有必要，那么需要暫停治療。這些形式的肺病實際上可以發展為肺纖維化。
不管是否與皮質類固醇治療相關，胺碘酮的早期停藥可以導致這種紊亂狀態的恢復，臨床征象通常在3或4周內消失。放射檢查和功能改善通常較慢（數個月）。
已經報道了一些胸膜炎病例，這一般與間質性肺病相關。
非常罕見：
·支氣管痙攣，特別是在哮喘患者中。
·急呼吸窘迫綜合征，有時候是致死性的，有時候在手術后即刻出現（已經認為可能與高劑量氧存在著相互作用）（參見注意事項）。