主要的不良反應為腹痛、惡心、嘔吐和腹瀉等胃腸道癥狀，發生率約 9.6%；因不良反應而中止治療的約0.3%，其次有皮疹等，多數屬輕度和中度，不必停藥。偶見轉氨酶暫時性升高，曾見一過性中性粒細胞減少，但是否與阿奇霉素有關尚未證實。
與紅霉素等其他大環內酯類—樣，嚴重的過敏反應如神經血管性水腫和過敏性休克等少見，但仍應注意。用藥后應注意耐藥菌如真菌引起的二重感染。
中樞和周圍神經系統反應為1.3%，其它皮疹等≤ 1%。ALT和AST短暫升高，分別為1.7%和1.5%，少數出現白血球計數異常。副反應發生率不受病人年齡的影響。專項試驗表明，本品對神經病學、聽力、眼科學等方面未引起異常。