產品在凍干箱內工作完畢之后,需要開箱取出產品,并且干燥的產品進行密封保存.
由于凍干箱內在干燥完畢時仍處于真空狀態.因此產品出箱必須放入空氣,才能打的開箱門取出產品,放入的空氣應是無菌干燥空氣.
由于產品的保存要求各不相同,因此出箱時的處理也各不相同.有些產品僅需放入無菌干燥空氣,然后出箱密封保存即可；有些產品需充氮保存,在出箱時放入氮氣,出箱后再充氮密封保存；有些產品需真空保存,在出箱后再重新抽真空密封保存.
干燥的產品一旦暴露在空氣中,很快會吸收空氣中的水份而潮解；特別是在潮濕的天氣,使本來已干燥的產品又增加含水量.因此,產品一出箱就應迅速的封口,如果因數量多而封口時間太長的話,應采取適當的措施或分批出箱或轉移到另一個干燥柜中.
冷凍干燥的產品由于是真空下干燥的.因此不受氧氣的影響,在出箱時由于放入空氣.空氣中的氧氣會立即侵入干燥產品的縫隙中,一些活性的基因會很快與氧結合,對產品產生不可挽回的影響.即使再抽真空也無濟于事,因為這是不可逆的氧化作用.如果出箱時放入惰性氣體.例如氮氣,出箱后氧氣就不易侵入產品的縫隙.然后再用氮氣趕走產品容量內的空氣,再封口,則產品受氧損害的程度能減輕.最根本解決趕走產品受空氣中水份和氧氣影響的辦法是采用箱內加塞的辦法.該方法需采用特殊裝置的凍干箱和特制的瓶與塞互相配合,瓶與塞如圖二十一所示,塞子需穩定的放置在瓶子之上,但未塞緊而是塞上一半,俗稱為半加塞.由于塞子上有一些可通氣的缺口和小孔,因此并不影響冰的升華.在產品干燥完畢之后,可以在真空下或在放入惰性氣體的情況下開動凍干箱的機械裝置使整箱的塞子全部壓緊,然后放入空氣出箱,再將瓶塞壓上鋁帽或封蠟使密封性更好.