常用劑量時不良反應較少，對腎贓的損害也較輕，但大劑量、長期使用時可出現藥物過敏反應引起的各類皮膚炎癥，粒細胞、血小板減少癥及再生障礙性貧血，可造成肝損害、腎損害而發生結晶尿、血尿和管型尿，對新生兒可造成溶血性貧血、血紅蛋白尿、高膽紅素血癥及膽紅素腦病（核黃疸）。因此，大劑量長期應用時宜同時服碳酸氫鈉并多飲水（保證每日尿量達1200ml）以加快其排泄，肝、腎功能減退者及新生兒、孕婦應慎用或避免使用磺胺苯吡唑。
