米索前列醇的不良反應以胃腸道反應最為常見，并與劑量有關。主要為稀便或腹瀉，大多數不影響治療，偶有較嚴重且持續時間長的情況，需停藥。其他可有輕度惡心、嘔吐、腹部不適、腹痛、消化不良、頭痛、眩暈、乏力等。極個別婦女可出現皮疹、面部潮紅、手掌瘙癢、寒戰、一過性發熱甚至過敏性休克。
