1）糜蛋白酶肌內注射前需做過敏試驗，并禁止靜脈注射。
2）如引起過敏反應，應立即停止使用，并用抗組胺類藥物治療。
3）糜蛋白酶對視網膜有較強的毒性，由于可造成晶體損壞，應用時勿使藥液透入玻璃體。
4）糜蛋白酶遇血液迅速失活，因此在用藥部位不得有末凝固血液。
5）糜蛋白酶在固體狀態時比較穩定，但其溶液不穩定，室溫放置9天可損失50%的活性，故應臨用前配制。
6）對糜蛋白酶引起的青光眼癥狀，于術后滴用β-受體阻滯藥（如噻嗎洛爾）或口服碳酸酐酶抑制藥（如乙酰唑胺），可能會緩解。
7）由于超聲霧化后糜蛋白酶效價下降明顯，因此，糜蛋白酶超聲霧化吸入時間宜控制在5min內。