1、乳癌
芬嗎通大量流行病學研究和一項隨機安慰劑對照試驗，即女性健康倡議(Women’s Health Initiative， WHI)發現：正在或最近使用HRT療法的患者，乳癌總體風險隨HRT治療時間的延長而增加。對于單一雌激素替代療法，在重新分析51項流行病學研究(其中]80%的人使用單一雌激素替代療法)和一項流行病學研究，即百萬婦女研究(Million Women Study， MWS)的原始資料后，得出結果相似的使用者乳癌相對危險度(RR)，分別為1.35(95%CI：1.21-1.49)和1.30(95%CI：1.21-1.40)。
對于聯合雌激素和孕激素的HRT療法，已有多個流行病學研究報道稱使用者乳癌總體風險高于單用雌激素者。
MWS報道，相對于從未使用MRT療法者，使用不同種類的雌激素-孕激素聯合HRT療法者的乳癌風險(RR=2.00，95%CI：1.88-2.12)都高于單用雌激素(RR=1.30，95%CI：1.21-1.40)或替勃龍(RR=1.45，95%CI：1.25-1.68)的患者。
WHI試驗報道，與安慰劑相比，所有使用雌激素-孕激素聯合HRT療法(CEE+MPA)者5.6年后乳癌的風險為1.24(95%CI：1.01-1.54)。
根據MWS和WHI試驗所計算出的乳癌絕對危險度如下：
MWS基于發達國家中已知的乳癌平均發病率推測：
每1000名50-64歲從未使用HRT療法的女性中約有32例被診斷為乳癌
每1000名正在或最近使用HRT療法的同齡患者中，新增的乳癌病例數為
單一雌激素替代療法使用者
0-3例(最佳估計值，best estimate=1.5)5年使用期
3-7例(最佳估計值=5)10年使用期
雌激素和孕激素聯合替代療法使用者
5-7例(最佳估計值=6)5年使用期
18-20例(最佳估計值=19)10年使用期
WHI試驗中隨訪50-79歲女性5～6年后，因雌激素-孕激素聯合HRT療法(CEE+MPA)療法導致新增8例傾襲性乳癌/10，000女性/年。
根據試驗資料的計算結果可認為：
安慰劑組中每1000名女性
5年內將約有16例被診斷為傾襲性乳癌
雌激素-孕激素聯合HRT療法(CEE+MPA)組中每1000名女性，新增病例數將為
0-9例(最佳估計值=4)5年使用期
女性不論在什么年齡(45-65歲之間)開始HRT療法，她們的乳癌新增病例數大致相同。
2、子宮內膜癌
留有完整子宮的女性患子宮內膜增生過長和子宮內膜癌的風險隨使用非拮抗性雌激素時間的延長而增加。根據流行病學研究的資料，50-65歲不使用HRT療法的女性，子宮內膜癌最佳風險估計值約為5例/1000人。非拮抗性雌激素使用者患子宮內膜癌的風險取決于治療時間和雌激素劑量而比不使用HRT療法者大2-12倍不等。單一雌激素療法中添加孕激素后能大大降低所增加的風險。
3、芬嗎通與雌激素/孕激素治療有關的其他不良反應
雌激素依賴性良性和惡性新生物，如子宮內膜癌。
靜脈血栓栓塞，即腿部或盆腔的深靜脈血栓和肺栓塞，在激素替代療法使用者中較不使用HRT療法者更常見。進一步信息，見禁忌癥和注意事項。