在治療HIV感染中，拉米夫定和齊多夫定單獨或聯用的副作用已有報道，其中大多數尚不清楚。這些副作用可能與拉米夫定、齊多夫定有關，或者與治療HIV感染中大量藥物的使用有關，或者本身就是由潛在的疾病進展引起的。
由于本藥含有拉米夫定和齊多夫定，預見不良反應的類型和嚴重程度和其所含兩個成分有關。常規聯合使用拉米夫定和齊多夫定未見明顯毒性增加。
拉米夫定： 其常見副作用有頭痛，不適，乏力，惡心，腹瀉，嘔吐，上腹痛，發熱及皮疹。有胰腺炎和外圍神經痛(或感覺異常)的病例報道，但未發現這些與拉米夫定的劑量有關。
拉米夫定和齊多夫定聯用時可引起中性粒細胞減少和貧血(有時很嚴重)。也有報道能引起血小板減少，一過性肝酶(AST，ALT)升高和血清淀粉酶的升高。
齊多夫定 ： 最嚴重的副作用有貧血(可能需要驗血)，中性粒細胞和白細胞減少。這些常見于大劑量(1200-1500 mg/天)的使用，進展的HIV感染者(尤其是治療前骨髓增生差的病人)，特別是CD4+細胞計數[100/mm3的病人的治療中，此時可能需要減少劑量或停止治療。
齊多夫定治療開始時，中性粒細胞數、血紅蛋白水平、血清維生素B12水平低，以及同時服用撲熱息痛的病人在使用齊多夫定時，中性粒細胞數減少的機率也會增加（與其他藥物的相互作用及其它形式的相互作用）。
在一組大規模、設對照的臨床試驗中，其它常見的不良反應有惡心、嘔吐、厭食、腹痛、頭痛、皮疹、發熱、肌痛、感覺異常、失眠、不適、乏力及消化不良。在接受齊多夫定治療的所有病人中，最常見的副作用是惡心，除此之外，其它不良反應與安慰劑試驗相比較并不多見。嚴重的頭痛、肌痛及失眠在齊多夫定治療的進展性HIV感染者中更為常見，而嘔吐、厭食、體虛及乏力則常見于齊多夫定治療的早期HIV感染者。其它副作用有嗜睡、腹瀉、頭暈、盜汗、呼吸困難、氣脹、味覺異常、胸痛、精神異常、焦慮、尿頻、憂郁、全身疼痛、寒戰、蕁麻疹、瘙癢及流感樣綜合征。這些和其它不常見的副作用在齊多夫定和安慰劑治療的病人中發生率相似。從安慰劑作為對照試驗及開放性試驗研究中獲得的資料表明，在齊多夫定治療的最初幾個星期后，惡心及其它常見臨床副作用發生率會逐漸減少。
以下不良反應在齊多夫定治療的病人中也有報道，這些副作用與使用齊多夫定之間的關系難于評價，尤其是在進展性HIV感染者，臨床情況很復雜。肌病，伴有骨髓增生不良的全血細胞減少癥及單發性血小板減少癥，非低氧血癥的乳酸酸中毒，肝功能異常（諸如肝大伴有脂肪肝，血液中肝酶及膽紅素水平升高），胰腺炎，指(趾)甲、皮膚及口腔粘膜色素沉著。在齊多夫定開放性治療試驗中，有報道病人出現抽搐及其它腦部癥狀。這些情況反過來也表明了齊多夫定對HIV相關的神經功能異常的治療整體上是有效的。若癥狀嚴重，減少齊多夫定的劑量或停藥有助于這些臨床狀況的改善。在這種情況下，應該停用雙汰芝，而改用齊多夫定及拉米夫定的單制劑。