（1）最好使用幼嫩的材料，材料含水量大時，可用70％乙醇擦拭，蒸餾水稍沖洗后用濾紙吸干，于液氮中研磨。如果材料量大（20g以上），或所用的植物材料較老，或材料含有較多的酚類物質，應提高β-巰基乙醇的用量。
（2）氯仿抽提時，要保證抽提液中有一定的鹽濃度，否則 DNA 進入沉淀。
（3）CTAB 溶液在15℃以下會沉淀，因此離心和其他操作時不可在低溫下進行。
（4）加入沉淀緩沖液應在高于15℃的室溫下沉淀，如果室溫適宜，沉淀時間足夠而無沉淀出現，可能是鹽濃度高，這時可再加入沉淀緩沖液降低鹽濃度。離心收集 CTAB 沉淀緩沖液沉淀的 DNA 時，不能離心過度，高速度及長時間的離心都會使沉淀過緊，而再溶解困難。
（5）采用真空抽干沉淀時，不能抽得太干抽得太干會使 DNA 斷裂，也可不采用真空抽干，將離心管置通風柜或超凈工作臺中令乙醇自然蒸干，這樣對 DNA 造成的損傷小。
（6）10％的 CTAB 溶液很粘滯，取液時可將其加熱至56℃。
（7）轉移 DNA 溶液用的槍頭要剪去尖，避免對 DNA 的機械損傷。
（8）所得 DNA 應為白色或灰白色，若呈褐色則有多酚物質污染。對于含多酚類物質多的材料，提取緩沖液中可加入1％的 PVP。對于多糖含量高的材料，提取液中 CTAB 的濃度可增至3％或更高。