1.前庭功能失調，耳蝸神經損害。
2.腎毒性：主要損害近端腎曲管。可出現蛋白尿、管型尿，繼而出現紅細胞尿，尿量減少或增多，進而發生氮質血癥、腎功能減退、排鉀增多等。
3.神經肌肉阻滯：N-乙基西索米星具有類似箭毒阻滯乙酰膽堿和絡合鈣離子的作用，能引起心肌抑制，呼吸衰竭等。
4.過敏反應：可出現皮疹、蕁麻疹、藥物熱、粒細胞減少等過敏癥狀，偶可致過敏性休克。
5.N-乙基西索米星可干擾正常菌群。長期應用可導致非敏感菌過度生長。
6.有出現面部及四肢麻木、周圍神經炎、視力模糊等癥狀的報道。
7.有出現暫時性肝功能損害（氨基轉移酶升高）的報道。