穿透性結腸損傷主要表現為傷后腹痛，有腹膜炎表現，或從開放傷口流出糞樣腸內容物。非穿透性結腸損傷，臨床表現復雜，腹痛是常見的癥狀，少數的結腸損傷病人在損傷時可沒有腹痛癥狀，多見于左半側結腸損傷，因左側結腸內容物干固，破裂后腸內容物不易進入腹腔，對腹膜刺激小。遲發性結腸破裂的病人，腹痛癥狀一度好轉后又再出現。
合并其他臟器損傷者，早期即有休克。腹膜外結腸損傷早期，腹痛和腹膜炎癥狀均不明顯。腹膜后間隙感染明顯時，側腹壁或后腰部有壓痛，有時可觸及皮下氣腫。惡心、嘔吐也是常見的癥狀。低位結腸損傷可便血或果醬樣便。體溫升高是腹膜炎的晚期表現。
結腸鏡所造成的結腸損傷是在檢查過程中，病人突然劇烈腹痛，隨之有腹膜炎表現。鋇灌腸造成的結腸穿孔除腹痛劇烈外，病人一般狀態欠佳，透視下見鋇劑進入腹腔。