主要是呈急性廣泛壞死性出血性肺炎、化膿、形成膿腫或有上皮細胞和巨噬細胞組成的肉芽腫,曲霉絲在肺組織內增殖并侵入血管,導致壞死性血管炎,造成血栓和菌栓性出血,導致血行播散。IPA的基本病理特征是化膿和梗死。其他組織病理反應還包括實質結節性損害、支氣管肉芽腫性損害和侵入性氣管支氣管炎等。病理組織切片可見菌絲和孢子經HE染色呈藍灰色,略帶紅色背景,而PAS及嗜銀染色分別呈紅色和黑色。菌絲長短不一,多呈桿狀,有分隔,直徑為3~5μm,并見多條菌絲沿同一方向反復分支,分支呈45°角,呈放射狀或珊瑚狀排列。