習慣性便秘的形成原因是多方面的。
主要有以下幾種：心理因素：情緒緊張，憂愁焦慮，注意力高度集中于某一工作，或精神上受到驚恐等強烈刺激，導致大腦皮層和植物神經紊亂，引起便意消失。肛裂、肛門直腸膿腫、痔瘡等患者因恐大便疼痛、出血、脫出，常控制排便，延長排便間隔時間。
抑郁性精神病和癔病，結腸過敏等，均可引起便秘。
胃腸道運動緩慢：缺乏B族維生素，甲狀腺功能減退，內分泌失調，營養缺乏等，可影響整個胃腸蠕動，使食物通過緩慢，形成便秘。
腸刺激不足：飲食過少或食物中纖維素和水分不足，腸道受到的刺激量不足，不能引起結腸、直腸的反射性蠕動，結果食物殘渣在腸內停留過久，水分被充分吸收，大便干燥，排出困難。
排便動力缺乏：手術損傷了肛門部肌肉，年老體弱，久病或產后，致使膈肌、腹肌、肛提肌收縮力減弱，排便乏力，導致便秘。
腸壁應激性減弱：腹瀉后腸壁內神經感受細胞為對抗腹瀉，保持正常生理，常可應激性降低排糞活動引起便秘。
長期使用刺激性瀉藥也可減弱腸壁的應激性，導致便秘加重。