保留值受溶質分子結構、烷基鍵合固定相的特性、流動相性質影響。
1、溶質分子結構
在反相鍵合相色譜法中，溶質的分離以它們的疏水結構差異為依據的，溶質的極性越弱，疏水性也強，保留值越大。根據疏溶劑理論，溶質的保留值與其分子中非極性部分的總表面積有關，其與烷基鍵合固定相結出的面積愈大，保留值越大。
2、烷基鍵合固定相的特性
烷基鍵合固定相的作用在于提供非極性作用表面，因此鍵合到硅膠表面的烷基數量就決定著溶質容量因子的大小。烷基的疏水特性隨碳鏈的加長而增加，溶質的保留值也隨著烷基碳鏈長度的增加而增人。
隨著烷基碳鏈的增長，增加了鍵合相的非極性作用的表面積，其不僅影響溶質的保留值，還影響色譜柱的選擇性，即隨烷基碳鏈的加長其對溶質分離的選擇性也增大。
3、流動相性質
流動相的表面張力愈大，介電常數愈大，其極性越強，此時溶質與烷基鍵合相的締合能力越強，流動相的洗脫強度弱，導致溶質的保留值越大。