1．噬菌體的RNA聚合酶結構簡單，是單鏈蛋白，功能也簡單。
2．細菌則具有復雜的多亞基結構（450Kd），可識別并轉錄超過1000個轉錄單位。
3．真核生物的酶有多種，根據a－鵝膏蕈堿（環狀8肽，阻斷RNA延伸）的抑制作用可分為三類：聚合酶A對它不敏感，分布于核仁，轉錄核糖體RNA；聚合酶B對低濃度敏感，存在于核質，轉錄信使RNA；聚合酶C位于核質，對高濃度敏感，轉錄小分子量RNA，如轉運RNA、5SRNA等。各種RNA聚合酶都是由10-15種不同亞基組成的多亞基復合物。
4．線粒體和葉綠體也有RNA聚合酶，結構簡單，能合成所有種類RNA。