在大便培養及藥物敏感實驗得出結果之前應及時改用抗生素，可使用針對性強的窄譜抗生素。
（1）紅霉素 金黃色葡萄球菌為病原的可口服紅霉素，靜脈滴注，療程為7～10天。
（2）萬古霉素 萬古霉素對難辨梭狀芽胞桿菌有抗菌活性，在腸道內很少被吸收，能維持較高的藥物濃度，很少有全身的毒副作用，對金黃色葡萄球菌也有作用，故被臨床確認為治療本病的首選藥物。但有少部分病人癥狀緩解停藥后有復發。
（3）甲硝唑 甲硝唑也常被用于本病的治療，得到較滿意的療效。體外實驗中甲硝唑對難辨梭狀芽胞桿菌有很好的抑制作用，缺點是口服時藥物易被吸收，腸道的濃度相對較低，使用時需要加大劑量。對不能口服的可經靜脈給藥，個別情況下甲硝唑也可以成為假膜性腸炎的誘因，但仍然不失為很好的治療藥物。
（4）磺胺脒和酞磺噻唑口服7～10天。
（5）桿菌肽也有用桿菌肽、潔霉素治療的報道。桿菌肽是對細胞壁有活性的多肽，體外實驗能抑制難辨梭狀芽胞桿菌。與萬古霉素相同，口服給藥時從胃腸吸收少，糞便中可獲得較大的濃度，全身的毒副作用少。