與成人感染相似，療程應根據治療后的臨床和真菌學反應而確定。兒童每日最高劑量不應超過成人每日最高劑量。氟康唑應每日一次給藥。
粘膜念珠菌病，氟康唑每日推薦劑量為3 毫克/公斤體重。為能更迅速的達到穩態濃度， 第一天可給予6 毫克/公斤體重飽和劑量。
系統性念珠菌病和隱球菌感染， 根據疾病的嚴重程度， 每日推薦劑量為6 至12 毫克/公斤體重。
防止艾滋病患兒隱球菌腦膜炎復發：氟康唑推薦劑量6 mg/kg，每日一次。
為防止免疫功能缺陷患兒經細胞毒化療或放療出現中性粒細胞減少后發生真菌感染的危險， 根據中性粒細胞減少的嚴重程度和時間長短，氟康唑的劑量應為每日3-12 毫克/公斤體重（ 參見【用法用量】中成人用藥部分， 對腎功能受損的患兒參見腎功能受損患者用藥部分）。
年齡不大于4 周患兒用藥：氟康唑自新生兒體內排出緩慢。不大于2 周的患兒劑量可按年長小兒， 但應每72 小時給藥一次。出生后3-4 周的患兒，給予相同劑量，每48 小時給藥一次。