部分患兒在出生后有明顯癥狀，表現為肝脾腫大、持續性黃疸、皮膚瘀點、小頭畸形、脈絡膜視網膜炎、智力低下和運動障礙等。上述任何項表現都可單獨存在，并可伴有生長緩慢、煩躁、有時發熱，體溫自微熱至40℃。但因出生時僅有小部分患兒有臨床癥狀，故多數不能確定診斷。如生后數月至數年才出現癥狀者，也可表現為聽力喪失，輕度神經系統癥狀及發育障礙，以致影響學習。先天性巨細胞包涵體病患兒，可出現各種先天畸形，可有痙攣狀態、兩側癱瘓、癲癇樣抽搐、視神經萎縮、耳聾（少數患兒發生耳聾），并可對細菌感染的敏感性增加。有的無癥狀先天性CMV感染的患兒，雖體格發育正常，仍可有先天畸形及聽力損害，但其發生率和嚴重程度均低于有癥狀的患兒。