國內20世紀80年代以來的文獻報道肺囊腫的誤診率為36.6%～91.2%，平均47.7%，因此鑒別診斷非常重要。多發性肺囊腫需與隔離肺、先天性腺瘤樣畸形、肺豬囊尾蚴病、慢性脂性肉芽腫性肺炎鑒別；單發囊腫需與肺膿腫、結核空洞、癌性空洞及良性腫瘤鑒別大泡性囊腫需與先天大葉性肺氣腫、氣胸鑒別。縱隔囊腫易誤診為縱隔淋巴結結核、畸胎瘤及各種縱隔腫物等鶒。
1.肺炎后肺大皰 屬后天性肺囊腫鶒，多見于金黃色葡萄球菌等肺炎后，其特點為空腔大小及形狀短期內多變其出現及消失均較迅速，與先天性肺囊腫長期存在截然不同。
2.肺膿腫 癥狀與肺囊腫繼發感染者相同但X線表現不同處為肺膿腫壁較厚，周圍肺組織多有浸潤和纖維性變。
3.肺內良性腫物 如肺結核球、假性炎癥性腫瘤、肺包蟲病、肺吸蟲病、肺動靜脈瘺等皆可在肺部出現球形病灶，應與孤立性液性肺囊腫鑒別。
4.大葉性肺氣腫 見于新生兒期，多以急性呼吸窘迫起病鶒但亦可起病緩慢于生后2～3個月以后癥狀明顯，和巨大張力性含氣囊腫不易區分，二者均需手術切除。
5.肺成熟障礙綜合征(pulmonarydysmaturitysyndrome，又稱Wilson-Mikitysyndrome) 見于早產兒鶒，可于生后1～2周逐漸起病，呈進行性呼吸困難及肺功能不全，X線見兩肺彌漫囊狀影像，與多發性肺囊腫之環形空腔多局限于一葉不同。存活者X線變化可于4個月～2年恢復正常。
6.先天性囊性腺瘤樣畸形 與多發性肺囊腫鑒別困難，二者均需手術切除治療。
7.氣胸 如果肺囊腫有通道與支氣管溝通，此通道因不完全阻塞產生活瓣作用致空氣僅入而不出，可形成巨大張力性含氣囊腫，可占據一側胸腔并將縱隔推向對側，此時須與氣胸鑒別。其主要區別是氣胸為空氣在胸膜腔，肺組織被推向肺門，而肺囊腫的含氣是在肺實質內肺尖、肺底和肋膈角仍可有含氣或萎陷的肺組織。
8.橫膈疝 可似多發性含氣肺囊腫，亦是位于一側，癥狀相似胃腸鋇造影可資鑒別。
9.支氣管擴張 常位于雙下葉、左上葉舌段及右中葉必要時可灌注碘油作支氣管造影檢查進行鑒別。
10.支氣管囊腫 多位于后及中縱隔，但偶可位于肺實質內，呈多房性，含空氣、液體或二者皆有健康搜索，此時僅手術后病理檢查才可與肺囊腫鑒別。
11.張力性氣胸 生后不久即出現嚴重的胸內壓迫癥狀表現為呼吸困難.發紺，患側胸部叩診呈鼓音或高清音聽診呼吸音減低，縱隔和心臟向健側移位，臨床上很似張力性氣胸主要為囊腔與支氣管相通，形成張力性氣囊腫有關。