囊腫形成的早期(<6周)，其壁較薄或較小，一般不作手術治療。手術治療 指征：持續腹痛不能忍受，囊腫增大(≥6cm)出現壓迫癥狀，囊腫合并感染或出血等并發癥。
常用手術方法有：
（1）內引流術：囊壁成熟后可作內引流術。將囊腫與空腸或胃吻合。根據囊腫的部位選擇。其中囊腫空腸Roux-en-Y吻合較常用。
（2）外引流術：適用于有明顯感染，囊腫時間短、壁薄不能作內引流者。也可經皮穿刺置管行外引流術。外引流可致經皮胰腺瘺，外瘺常可自行閉合．瘺持久不閉者需手術處理。
（3）胰體尾切除術：適用于胰體尾部囊腫。連同囊腫將胰體尾切除。胰腺殘端應妥善處理．防止術后發生胰瘺。