制造高精度的對準系統需要具有近乎完美的精密機械工藝，這也是國產光刻機望塵莫及的技術難點之一，許多美國德國品牌光刻機具有特殊ZL的機械工藝設計。例如Mycro N&Q光刻機采用的全氣動軸承設計ZL技術，有效避免軸承機械摩擦所帶來的工藝誤差。
對準系統另外一個技術難題就是對準顯微鏡。為了增強顯微鏡的視場，許多高端的光刻機，采用了LED照明。
對準系統共有兩套，具備調焦功能。主要就是由雙目雙視場對準顯微鏡主體、目鏡和物鏡各1對（光刻機通常會提供不同放大倍率的目鏡和物鏡供用戶組合使用）。
CCD對準系統作用是將掩模和樣片的對準標記放大并成像于監視器上。
工件臺顧名思義就是放工件的平臺，光刻工藝最主要的工件就是掩模和基片。
工件臺為光刻機的一個關鍵，由掩模樣片整體運動臺（XY）、掩模樣片相對運動臺（XY）、轉動臺、樣片調平機構、樣片調焦機構、承片臺、掩模夾、抽拉掩模臺組成。
其中，樣片調平機構包括球座和半球。調平過程中首先對球座和半球通上壓力空氣，再通過調焦手輪，使球座、半球、樣片向上運動，使樣片與掩模相靠而找平樣片，然后對二位三通電磁閥將球座和半球切換為真空進行鎖緊而保持調平狀態。
樣片調焦機構由調焦手輪、杠桿機構和上升直線導軌等組成，調平上升過程初步調焦，調平完成鎖緊球氣浮后，樣片和掩模之間會產生一定的間隙，因此必須進行微調焦。另一方面，調平完成進行對準，必須分離一定的對準間隙，也需要進行微調焦。
抽拉掩模臺主要用于快速上下片，由燕尾導軌、定位擋塊和鎖緊手輪組成。
承片臺和掩模夾是根據不同的樣片和掩模尺寸而進行設計的。