普通生物顯微鏡由3部分構成，即：①照明系統，包括光源和聚光器；②光學放大系統，由物鏡和目鏡組成，是顯微鏡的主體，為了消除球差和色差，目鏡和物鏡都由復雜的透鏡組構成；③機械裝置，用于固定材料和觀察方便。
尼康E-600顯微鏡
顯微鏡物象是否清楚不僅決定于放大倍數，還與顯微鏡的分辨力（resolution）有關，分辨力是指顯微鏡（或人的眼睛距目標25cm處）能分辨物體最小間隔的能力，分辨力的大小決定于光的波長和鏡口率以及介質的折射率，用公式表示為：
R=0.61λ /N．A． N．A．＝ｎsinα/2
式中：n=介質折射率；α=鏡口角（標本對物鏡鏡口的張角），N.A.=鏡口率（numeric aperture）。鏡口角總是要小于180?，所以sina/2的最大值必然小于1。
及中介質的折射率
介質
空氣
水
香柏油
α溴萘
折射率
1
1.33
1.515
1.66
制作光學鏡頭所用的玻璃折射率為1.65~1.78，所用介質的折射率越接近玻璃的越好。對于干燥物鏡來說，介質為空氣，鏡口率一般為0.05~0.95；油鏡頭用香柏油為介質，鏡口率可接近1.5。
普通光線的波長為400~700nm，因此顯微鏡分辨力數值不會小于0.2μm，人眼的分辨力是0.2mm，所以一般顯微鏡設計的最大放大倍數通常為1000X。