青蒿素僅在紫外區203nm處有極弱的末端吸收，不能直接采用紫外分光光度法（UV法）檢測。因此需要將青蒿素通過堿或酸溶液進行衍生后才能產生具有紫外吸收的化合物（α、β－不飽和酮酸鹽），在波長292nm或260nm處進行紫外檢測。UV、高效液相色譜紫外檢測法（HPLC－UV）都是基于以上原理。這類方法操作步驟煩瑣、費時，經過堿、酸衍生化處理后青蒿素結構易受到破壞，產生含量損失。青蒿素類似物也易參與衍生，產生多個雜峰，使檢測準確性受到影響。青蒿素無熒光生色團，在測定人體血液或尿液中含量時需與其他物質作用間接通過熒光光譜分析法（XRF法）得到結果。雖然靈敏度有所提高，但過程相對復雜。