一、整合性破壞
1. 將基因的內部片段亞克隆到YIP載體。
2. 在此內部片段中將質粒線性化。
3. 繼續整合性轉化步驟3（見基本方案1）。
二、基因破壞一步法
1. 將合適的選擇性基因亞克隆到目的基因上，必要時，可在亞克隆的同時引入一個缺失。
2. 采用合適的限制性位點，從步驟1抅建的質粒中切出含有被破壞基因的片段，凝膠電泳純化。用1~10 μg 凝膠純化片段進行轉化并選擇插入標記。
3. Southern 雜交法確證破壞結果。如果轉化二倍體，產生孢子后經剖分以獲得帶有被破壞基因的單倍體孢子。
三、轉移
1. 將目的基因亞克隆到YIp5，誘變質粒或者引入確定的缺失或插入突變。 2. 從質粒的線性化開始，按整合性轉化方案進行（基本方案1）。 3. 將轉化子在非選擇性液體培養基（YPD或含尿嘧啶的極限培養基）中培養過夜，然后在非選擇性培養基平板上30℃培養兩天使長出克隆（約100單克隆）。 4. 將平板影印至5-FOA平板上培養過夜以鑒別Ura- 分離子，在液體培養基培養期間丟失了質粒的菌落在5-FOA平板上具有完全的抗性，這些克隆可以通過非選擇性平板回收，并用于步驟5。其他在克隆生長期間丟失了質粒的菌落在5-FOA影印平板上將出現乳頭狀突起。
5. 通過突變表型篩選5-FOA菌落，如果突變體的限制酶切圖譜與野生型基因相比有預期的改變，用Southern 雜交法確證突變菌落的基因型。
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