近年來，常用以下方法治療克隆氏病：
首先，在活動期口服水楊酸偶氮磺胺吡啶 (SASP)2～6g/d，分4次服用，一般3～4周見效；維持量1～2g/d，一般口服1～2年。或口服5-氨基水楊酸(5-ASA)微顆粒，每次0.5g，每日3次，對結腸病變療效尤佳。
另外，每天口服強的松30～60mg，10～14天以后漸減量，直至每日5mg維持。如用6-甲基強的松龍，開始每天給48mg，逐漸減至每日12mg，維持2年。不能耐受口服者，急性期可用氫化可的松200～400mg或ACTH120單位靜滴，14日后改口服強的松維持。對直腸病變可用倍他米松5mg 或氫化可的松琥珀酸鹽20～100mg保留灌腸，還可與SASP、錫類散等藥物一起合并灌腸。
其他藥物如：硫唑嘌呤每日1.5mg/kg體重，分次口服；也可口服6-巰基嘌呤，對慢性復發病人，療程約1年；尚可使用環胞菌素A及免疫增強劑如左旋咪唑、干擾素、轉移因子、卡介苗及免疫球蛋白制劑。采用滅滴靈、廣譜抗生素及抗結核治療者也有報道，但療效評價不一。
本病半數病例最終需作外科手術切除病變腸段，5～10年內有部分病例可能仍需再次手術。