免疫器官包括中樞免疫器官和外周免疫器官。在哺乳類動物，中樞免疫器官包括胸腺和骨髓；在禽類，中樞免疫器官包括胸腺和法氏囊。外周免疫器官有淋巴結、脾臟等。
胸腺（Thymus）
胸腺位于胸腔縱隔上部，胸骨后方。胸腺在胚胎期及出生后2 歲內生長很快，體積較大；2 歲后到青春期發育仍很快；但青春期后開始萎縮，逐漸由脂肪組織所代替，它在機體免疫功能的建立上占有重要地位。骨髓內有部分淋巴細胞遷移到胸腺內，在胸腺素的影響下，增殖分化成為具有免疫功能的T 細胞，再經血流輸送到淋巴結和脾等周圍免疫器官發揮免疫功能。若新生期切除胸腺或胸腺生長腫瘤，可導致細胞免疫功能顯著下降，常因感染而死亡。
胸腺的組織結構：胸腺分左右兩葉，表面覆蓋有一層結締組織被膜，被膜深入實質將實質分割成若干小葉。胸腺小葉的外層為皮質，內層為髓質。胸腺皮質區分為淺皮質區和深皮質區。皮質區內85%-90%的細胞為未成熟的T 細胞。髓質區內有大量的胸腺上皮細胞和稀疏分散的較成熟的胸腺細胞、單核-巨噬細胞和DC。
標本：胎兒胸腺、胸腺組織切片
骨髓(Bone marrow)
骨髓位于骨髓腔中，分為紅骨髓和黃骨髓。紅骨髓有造血功能，由造血組織和血竇構成。造血組織主要由基質細胞和造血細胞組成。基質細胞包括網狀細胞、成纖維細胞、血管內皮細胞、巨噬細胞等。骨髓是各類血細胞和免疫細胞發生的場所。骨髓又是B 細胞分化成熟的場所和體液免疫應答發生的場所。因此骨髓既是中樞免疫器官又是外周免疫器官。
標本：骨髓組織切片
法氏囊（Bursa of Fabricius）
在禽類，法氏囊是位于泄殖腔上方的一個囊狀物，內充滿著淋巴組織，其中淋巴細胞不斷受囊素的影響，發育成B 淋巴細胞。若新生期切除法氏囊，抗體的形成將受影響，而細胞免疫功能不受影響。對于B 淋巴細胞發育而言，禽類的法氏囊具有哺乳類動物骨髓相似的作用。
標本：雞法氏囊
淋巴結（Lymphoid node）
淋巴結的實質分為皮質區和髓質區兩部分。皮質區分為淺皮質區和深皮質區兩部分。淺皮質區靠近被膜下，是B 細胞定居的場所，稱為非胸腺依賴區（thymus-independent area）。該區內大量B 細胞聚集形成淋巴濾泡，或稱淋巴小結。淺皮質區與髓質之間的深皮質區是副皮質區，是T 細胞定居的場所，稱為胸腺依賴區（thymus-dependent area）。髓質區有髓索和髓竇組成，髓索由致密聚集的淋巴細胞組成，主要為B 細胞和漿細胞。
標本：人淋巴結切片
脾（Spleen）
脾實質可分為白髓和紅髓。白髓為密集的淋巴組織，為T 細胞區。白髓與紅髓交界的狹窄區域為邊緣區，內含T 細胞、B 細胞和較多Mφ。紅髓有髓索和髓竇組成。髓索為索條狀組織，主要含B 細胞、漿細胞、Mф 和DC。
標本：人脾組織切片